UTF-8エンコードなメールは悪か？

→悪ではなくて自分が読めていることが相手が読めるとは限らない

• 機種依存文字と同様な扱いで良いと思う

→ポリシやアグリーメントで相手にエンコーディングの確認をしておくと良い
仏、独、韓等入り交じっているメールが出る場合はしょうがないとは思うが、日本語であれば ISO-2022-JPで足りる
perlではEncode::Firstとかとか

MTAがアレというならBASE64とかquoted-printableとかになるのかな？
とはいえMUAに依るのでポリシ、アグリーメントできめておかなければ…